Шалфей мускатный во время цветения выделяет много нектара, дающего ароматный мед, который обладает высокими вкусовыми и лечебными качествами. Сбор меда достигает при благоприятных погодных условиях во время цветения растений до 150—200 кг с гектара.
Соцветия шалфея мускатного идут для получения эфирного масла, которое обладает дезинфицирующим и противовоспалительным действием. Благодаря этим свойствам масло используется с лечебной целью. Оно служит сырьем для выделения линалилацетата и других компонентов.
Отходы от переработки шалфея мускатного методом перегонки с водяным паром применяются с лечебной целью. Отгонные воды — конденсат, в котором кроме следов эфирного масла содержатся муравьиная, уксусная кислоты и другие вещества, с успехом используются для лечения людей с заболеванием опорно-двигательного аппарата и периферической нервной системы (радикулит, ишиас).
Предложен концентрат, который по своим химическим и лечебным свойствам ничем не отличается от конденсата; разрешена задача долговременного хранения препарата, уменьшения его объема, возможности транспортирования на дальние расстояния.
В народной медицине трава используется как ароматное и улучшающее пищеварение средство при заболеваниях почек.
Шалфейное эфирное масло благодаря приятному запаху линалилацетата и линалоола широко используется в парфюмерии, пищевой промышленности и виноделии для приготовления мускатных вин. Масло используется как фиксатор запаха и заменяет самые дорогие фиксаторы — амбру и мускус.
Жирное масло может использоваться в медицинской практике для получения линола и как высыхающее масло — в промышленности для приготовления олифы. Жмых, полученный при переработке семян на масло, может быть использован в качестве корма для животных.
Шалфейные отходы (стебли с соцветиями), получаемые при перегонке на эфиромасличных заводах, компостированные с суперфосфатом, являются прекрасным органоминеральным удобрением.
